Egy speciális műszer segítségével a beteg belébe temperált vizet vezetnek. A feloldott béltartalmat ezután egy leeresztő tömlőn keresztül öblítik ki. Az orvos közben a hasfal enyhe masszírozásával segíti elő a folyamatot.
A kezelést egy hónapon keresztül hetente háromszor végzik el. Ezután kb. három hónapos szünet következik. Ebben az időszakban a betegnek egy speciális táplálkozási programhoz kell tartania magát és rendszeresen kell mozognia. Szükség esetén a három hónapot követően is sor kerülhet még néhány ismételt öblítésre.
Nincsenek tudományos vizsgálatok, melyek a terápia hasznát és széles alkalmazási spektrumát alátámasztanák. Az anyagcsere végtermékek kiválasztása a veséken, tüdőn és bőrön keresztül történik. A „salak” kifejezés a tudományos irodalomban nem létezik. Egyedül a székrekedés kezelésében tűnik a kolon–hidroterápia rövid távon hasznosnak, bár egy egyszerű beöntéssel is ugyanez a hatás érhető el.
Nincsenek szigorú kiképzési szabályok a terápia végzését illetően. A kiképzést többnyire a gyártók végzik, akik megismertetik a vásárlókat a gép használatával.