1541-ben a törökök szandzsákszékhellyé tették a várost de a bortermelés tovább folyt, egyes szőlőterületeknek mohamedán tulajdonosa volt. A XVIII. század elején Mérey Mihály és az őt követő apátok azt a kedvezményt adták a szőlőtermesztőknek, hogy csak tizeddel (kilenceddel nem !) tartoznak. Ezek a lehetőségek a német telepeseket is vonzották, akik több hullámban érkeztek a borvidékre. A helyi szőlőtermesztési, borkészítési ismeretek az új telepesekével kiegészülve emelték a borvidék szőlőkultúrájának színvonalát. A század közepén már általános a héjonerjesztés, és a bort pincében tárolják. Ez a kereskedelem miatt különösen fontos. A bor ekkor már fontos megélhetési forrás. 1828-ban még 37 fehér és 29 "fekete" szőlőfajtát termesztettek, köztük 6 féle kadarkát (még fehéret is). Húsz év múlva már csak néhány uralkodó szőlőfajtát említenek. A trágyázást már ismerik de annak helyes módját még nem ismerik, egyre több szőlőt karóznak.
A napóleoni háborúk hatására a bor keresett cikké válik. 1815 után keresetcsökkenés áll be, de a jó vörös bornak mindig maradt piaca. A francia borok ekkortól kezdik kiszorítani a hiányos kezeltségű magyar borokat a piacról. Magda Pál még "aszú szőlő bort" is említ, mint különlegességet.
A szekszárdi bor főleg a német nyelvterületen híresült el. A filoxéravész itt is erős visszaesést okozott, szinte kopárrá váltak a régen zöldellő szőlőhegyek. A Benedek szurdokban a XX. század elején szegények laktak barlangban is. A völgykatlanok mikroklímája kiválóan alkalmas a vörösborszőlő-fajták termesztésére. A szekszárdi-borvidéken a kékszőlő-fajták aránya 70%, a legnagyobb területen a kékfrankos, a merlot, a kadarka és a kékoportó terjedt el. Fontosabb fehérszőlő-fajtái: olaszrizling, chardonnay, rizlingszilváni, zöld veltelini. A borvidékre a lágy vagy harmonikus, fajtajelleges fehérborok, továbbá a sötét színű, testes, bársonyos, fűszeres zamatú minőségi és különleges minőségű vörösborok jellemzők. Eger mellett Szekszárd használhatja a "Bikavér" nevet.